Le comité de la Jeunesse socialiste jurassienne, composé de 3 personnes, est l'organe exécutif du parti. Il est responsable de l'application des décisions prises en assemblées générales et de la gestion des affaires courantes (organisation, relations avec les médias, etc.). Afin de respecter les valeurs défendues par la JSJ, la parité entre les genres au sein du comité est fortement encouragée.